Etkinliğin Amacı ve Kapsamı

 

Arkaplan:

Yaşam bilimlerinde deneysel çalışmalarda üretilen veri miktarı logaritmik olarak artmaktadır. Bu değişimin başlıca sürükleyicilerinden biri genetik alanında paralel DNA dizileme teknolojilerinin ucuzlaması, yaygınlaşması ve çok çeşitli uygulama alanları kazanmasıdır. Öte yandan ekoloji ve iklimbilim gibi alanlarda da iletişim teknolojilerindeki gelişmeler sayesinde büyük veri kümelerinin hızla biriktiği görülmektedir. Bu veriler ulusal ve uluslararası veri tabanlarında saklanmakta ve bilimsel araştırmalar için yeniden kullanılabilecek devasa bir kaynak sunmaktadır. Bir bilimsel hipotezi test etmek için kendiniz deney yapmadan önce başkalarının ürettikleri verilerin yeniden analizi, basit ve etkili bir önveri üretme yöntemidir. Dahası, özellikle gelir düzeyi kısıtlı ve deneysel veri üretiminde gelir düzeyi yüksek ülkelerle yarışmakta zorlanabilecek ülkelerde bilim insanları için bu tip veri havuzlarının göreli değeri daha da yüksektir.

​

Ancak bu tip büyük veri kümelerini güvenli biçimde saklamak, ihtiyaca göre biçimlendirmek ve istatistiksel olarak çözümlemek, bir dizi hesaplamalı ve istatistiksel yetenek gerektirmektedir. Ne yazık ki Türkiye dahil birçok ülkede Biyoloji veya Moleküler Biyoloji ve Genetik lisans programlarında hesaplamalı analiz yöntemleri (biyoenformatik yöntemler, programlama ve modelleme) ya hiç öğretilmemekte ya da çok sınırlı öğretilmektedir. 

Bir diğer önemli gelişme de yaşam bilimlerinin farklı alanlarına ait birikmekte olan verilerin, özellikle de çok boyutlu verilerin, disiplinler arası çalışmaları giderek kolaylaştırmasıdır. Örneğin kanser genetiği üzerine biriken verileri bugün genetikçi, ekolog ve matematikçilerden oluşan interdisipliner ekipler beraber modellemektedir.

 

Bu tip ihtiyaçlara binaen, bu Seminer dizisini planlayan ekip olarak 2016 yılında Hesaplamalı Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Çalıştayı (Şirince’de) ve 2016, 2017, 2018 yıllarında Evrimsel Genombilim Kışokulu (Hacettepe ve ODTÜ’de) düzenlemiştik. Söz konusu etkinlikler lisansüstü öğrencilere dönük ve ücretsiz olarak (yani eğitimcilerin öğrencilerden ücret talep etmediği şekilde) organize edilmişti. Beriki etkinliği 2018’de ve takip eden yıllarda Yunanistan ve Doğu Akdeniz bölgesinden meslektaşlarımızla beraber düzenlemeyi, bu yolla komşu ülkelerdeki öğrencilerin Türkiye’deki bilgi birikiminden yararlanmalarını, aynı şekilde bizim öğrencilerimizin de komşu ülkelerdeki başarılı genç araştırmacılarla tanışarak bu kişilerden faydalanmalarını hedefledik.

​

Amaç:

Hesaplamalı Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Ege Seminerleri, bu alanlarda çalışan yetkin genç araştırmacılar ile Türkiye ve Yunanistan'dan yüksek lisans ve doktora öğrencilerini buluşturarak, ekoloji ve evrim alanındaki temel soruları tanıtmayı, ayrıca bu soruları cevaplamak için kullanımı uygun en son modelleme ve hesaplamalı analiz yöntemlerini öğretmeyi amaçlamaktadır.

​

Seminerler aynı zamanda yeni bölgesel işbirliği imkanları yaratarak Türkiye ve Doğu Akdeniz bölgesinde yaşam bilimleri alanında bilimsel çalışmalara ivme kazandırmayı da amaçlamaktadır.

​

Seminerler popülasyon genombilimi, karşılaştırmalı filojeni, mikrobiyal ekoloji, metagenomiks, antik DNA, komünite ekolojisi gibi geniş bir yelpazede hem teorik dersler hem uygulama dersleri içermektedir. Seminerlerin amacı tek bir alanda aşırı özelleşmiş bir hesaplamalı araç topluluğunu tanıtmak değildir. Aksine amaç, ekoloji ve evrimsel biyolojinin bazı kadim araştırma konularını tanıttıktan sonra, hem bu alanlarda hem de genetik ve iklimbilim gibi akraba alanlarda kullanılan farklı modelleri, istatistiksel araçları ve yaklaşımları öğrenci topluluğuna tanıtmaktır. Seminerler kapsamında ayrıca çokdisiplinli araştırmayı teşvik edecek şekilde öğrenciler farklı disiplinlerden yaklaşımların bir arada kullanılacağı projeler kurgulayacaktır.

​

Kapsam:

Seminerlerin en güçlü özelliği yaşam bilimlerinde büyük veri analizinde çeşitli uygulamaları içermesidir.

​

Yunanistan Girit Üniversitesi öğretim üyesi Manolis Ladoukakis'in sunacağı ekolojik evrim dersleri, mikrobiyal ekoloji sorunlarının yeni nesil DNA dizileme (NGS) verileriyle ve evrimsel modellerle analizini içermektedir. Bu seminerle beraber mikrobiyal komünite verisinden çeşitlilik hesabı ve komünite çeşitliliğini etkileyen çevresel etmenlerin analizinin işleneceği bir uygulama dersi de yapılacaktır.

​

ODTÜ öğretim üyesi Korhan Özkan ve Ankara Üniversitesi öğretim üyesi Emre Keskin ise ise komünite ekolojisi üzerine seminer verecektir. Özkan, biyocoğrafya üzerine seminerinde türler arasında etkileşimleri inceleyecek ve uygulama dersinde de komünite ekolojisinde ve niş tahmininde kullanılan çok değişkenli yöntemleri öğretecektir. Keskin ise komünite analizinde ve çevresel gözetimde çevresel DNA (eDNA) barkodlamanın kullanımı üzerine teorik dersler ve uygulamalar sunacaktır.

​

ABD Boston Üniversitesi'nde doktoralı araştırma görevlisi İstem Fer, Bayezyen modellerin ekolojik ve evrimsel sorunlara uygulamalarını teorik ve pratik olarak tanıtacak, R dilinde bir uygulama yaptıracaktır.

 

İYTE öğretim üyesi Efe Sezgin temel moleküler evrim teorilerini ve birleşme teorisini anlatacak, sirke sineği ve insan genetiği verisiyle uygulamalar gerçekleştirecektir. 

Almanya Bielefeld Üniversitesi'nde doktoralı araştırma görevlisi Bahar Patlar ise niceliksel (kantitatif) özelliklerin evrimi üzerine bir seminer verecek ve R ile niceliksel genetik uygulamaları gösterecektir.

​

Yunanistan Foundation of Research and Technology - Hellas (ICS) öğretim üyesi Pavlos Pavlidis ise genom verisinde pozitif seçilim belirleme yöntemleri üzerine bir seminer verecek, hem demografi hem seçilimi aynı anda tahmin etme üzerine uygulamalar yapacaktır.

Girit Üniversitesi'ne bağlı Doğa Tarihi Müzesi'nde öğretim üyesi Nikos Psonis ise antik DNA analizi üzerine bir seminer verecek ve bu alandaki hesaplamalı uygulamaları tanıtacaktır.

​

Seminer Programı:

Seminerlere ilişkin detaylı programa aşağıdaki bağlantıdan ulaşabilirsiniz.

Detaylı Program

​

Şeçim Kriterleri:

• Adayların en geç 15 Ağustos 2018 gününe kadar başvuru formunu doldurarak iletmesi gerekmeketidir.

• Niyet mektubunun mükemmeliyeti ve adayın çalışma alanının, bilimsel hedeflerinin ve geçmiş deneyimlerinin kurs kapsamında ele alınan konulara olan yakınlığı.

• Programlama ve istatistiksel yazılım dillerine hakimiyet.

• İngilizce dil bilgisi

• Benzer çalıştaylara/kurslara/seminerlere katılım (ilk defa katılanlara öncelik verilecektir).

• Farklı Üniversiteler arası denge ve çeşitlilik 

• Kadın/erkek sayısı ve çalışma alanı (Ekoloji/Evrim) kapsamında denklik.

• Yüksek lisans, doktora ve erken evre doktora sonrası araştırmacılara öncelik verilecektir. 

​

Seminerler hakkında detaylı bilgi ve başvuru için lütfen İngilizce web sitesindeki (https://aegeancompecoevo.wixsite.com/home) ilişkili bölümleri kullanınız

​

​