Etkinliğin Amacı ve Kapsamı

 

Arkaplan:

Yaşam bilimlerinde deneysel çalışmalarda üretilen veri miktarı logaritmik olarak artmaktadır. Bu değişimin başlıca sürükleyicilerinden biri genetik alanında paralel DNA dizileme teknolojilerinin ucuzlaması, yaygınlaşması ve çok çeşitli uygulama alanları kazanmasıdır. Öte yandan ekoloji ve iklimbilim gibi alanlarda da iletişim teknolojilerindeki gelişmeler sayesinde büyük veri kümelerinin hızla biriktiği görülmektedir. Bu veriler ulusal ve uluslararası veri tabanlarında saklanmakta ve bilimsel araştırmalar için yeniden kullanılabilecek devasa bir kaynak sunmaktadır. Bir bilimsel hipotezi test etmek için kendiniz deney yapmadan önce başkalarının ürettikleri verilerin yeniden analizi, basit ve etkili bir önveri üretme yöntemidir. Dahası, özellikle gelir düzeyi kısıtlı ve deneysel veri üretiminde gelir düzeyi yüksek ülkelerle yarışmakta zorlanabilecek ülkelerde bilim insanları için bu tip veri havuzlarının göreli değeri daha da yüksektir.

​

Ancak bu tip büyük veri kümelerini güvenli biçimde saklamak, ihtiyaca göre biçimlendirmek ve istatistiksel olarak çözümlemek, bir dizi hesaplamalı ve istatistiksel yetenek gerektirmektedir. Ne yazık ki Türkiye dahil birçok ülkede Biyoloji veya Moleküler Biyoloji ve Genetik lisans programlarında hesaplamalı analiz yöntemleri (biyoenformatik yöntemler, programlama ve modelleme) ya hiç öğretilmemekte ya da çok sınırlı öğretilmektedir. 

Bir diğer önemli gelişme de yaşam bilimlerinin farklı alanlarına ait birikmekte olan verilerin, özellikle de çok boyutlu verilerin, disiplinler arası çalışmaları giderek kolaylaştırmasıdır. Örneğin kanser genetiği üzerine biriken verileri bugün genetikçi, ekolog ve matematikçilerden oluşan interdisipliner ekipler beraber modellemektedir.

 

Bu tip ihtiyaçlara binaen, bu Seminer dizisini planlayan ekip olarak 2016 yılında Hesaplamalı Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Çalıştayı (Şirince’de) ve 2016, 2017, 2018 yıllarında Evrimsel Genombilim Kışokulu (Hacettepe ve ODTÜ’de) düzenlemiştik. Söz konusu etkinlikler lisansüstü öğrencilere dönük ve ücretsiz olarak (yani eğitimcilerin öğrencilerden ücret talep etmediği şekilde) organize edilmişti. Beriki etkinliği 2018’de ve takip eden yıllarda Yunanistan ve Doğu Akdeniz bölgesinden meslektaşlarımızla beraber düzenlemeyi, bu yolla komşu ülkelerdeki öğrencilerin Türkiye’deki bilgi birikiminden yararlanmalarını, aynı şekilde bizim öğrencilerimizin de komşu ülkelerdeki başarılı genç araştırmacılarla tanışarak bu kişilerden faydalanmalarını hedefledik.

​

Amaç:

Hesaplamalı Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Ege Seminerleri, bu alanlarda çalışan yetkin genç araştırmacılar ile Türkiye ve Yunanistan'dan yüksek lisans ve doktora öğrencilerini buluşturarak, ekoloji ve evrim alanındaki temel soruları tanıtmayı, ayrıca bu soruları cevaplamak için kullanımı uygun en son modelleme ve hesaplamalı analiz yöntemlerini öğretmeyi amaçlamaktadır.

​

Seminerler aynı zamanda yeni bölgesel işbirliği imkanları yaratarak Türkiye ve Doğu Akdeniz bölgesinde yaşam bilimleri alanında bilimsel çalışmalara ivme kazandırmayı da amaçlamaktadır.

​

Seminerler popülasyon genombilimi, karşılaştırmalı filojeni, mikrobiyal ekoloji, metagenomiks, antik DNA, komünite ekolojisi gibi geniş bir yelpazede hem teorik dersler hem uygulama dersleri içermektedir. Seminerlerin amacı tek bir alanda aşırı özelleşmiş bir hesaplamalı araç topluluğunu tanıtmak değildir. Aksine amaç, ekoloji ve evrimsel biyolojinin bazı kadim araştırma konularını tanıttıktan sonra, hem bu alanlarda hem de genetik ve iklimbilim gibi akraba alanlarda kullanılan farklı modelleri, istatistiksel araçları ve yaklaşımları öğrenci topluluğuna tanıtmaktır. Seminerler kapsamında ayrıca çokdisiplinli araştırmayı teşvik edecek şekilde öğrenciler farklı disiplinlerden yaklaşımların bir arada kullanılacağı projeler kurgulayacaktır.

​

Kapsam:

Seminerlerin en güçlü özelliği yaşam bilimlerinde büyük veri analizinde çeşitli uygulamaları içermesidir.

​

ODTÜ öğretim üyesi Mustafa Yücel'in sunacağı Biyojeokimya dersleri; gezegende hayatın ve biyojeokimyasal çevrimlerin erken dönem evrimi, Modern Yer Sistemi'nde karbon, nitrojen, sülfür, oksijen ve fosfor döngüleri, deniz tabanı sedimanları, bentik ekosistemler, hidrotermal bacalar, gaz hidratlar ve bunlara bağlı kemosentez tabanlı ekosistemler konularında olacak.

​

ODTÜ öğretim üyesi Arzu Karahan ekolojik olarak önemli olan karakterlerin çalışılması, ekogenomik, QTL Analizi ve ters genetik , genotipi fenotipe bağlama, moleküler evrim ve genom evrim konularında seminer verecektir.

​

Hacettepe öğretim üyesi Çağatay Tavşanoğlu ekolojide deney tasarımı, ekolojide veri tipleri ve analizleri konularında eğitim verecektir.

​

Yunanistan Girit Üniversitesi öğretim üyesi Manolis Ladoukakis, Evrim teorisini yaşamın her alanına nasıl genişletilebilir olduğu hakkında seminer verecek.

​

ODTÜ öğretim üyesi Korhan Özkan topluluk ekolojisi, topluluk ekolojisinde istatistiki yöntemler, R kullanarak bir sıfır model (null model) analizi kurmak konusunda sunum yapacak.

​

Kıbrıs Üniversitesi'nde öğretim üyesi olan Anna Papadopoulou, DNA barkodlama kullanılarak yapılan tür tanımlamasının ana konseptleri, problemleri ve uygulamaları, tür konseptleri ve DNA temelli tür delimitasyon metodları hakkında eğitim verecek.

​

Koç Üniversitesi öğretim üyesi İsmail Kudret Sağlam DNA dizi verisinin özetlenmesi ve iki gen kopyası ile coalescent, n gen kopyası ile coalescent kuramı, Alel Frekans Spektrumu ile demografi ve seçilimin hesaplanması, SFS ve Popülasyon büyülüğü değişimleri konularında eğitim verecek.

​

Ankara Üniversitesi öğretim üyesi Emre Keskin, metabarkodlamada arazi planlama ve örnekleme, laboratuvar çalışmaları ve biyoinformatik konularında eğitim verecek.

​

Pensilvanya Üniversitesi öğretim üyesi Erol Akçay; sosyal etkileşimlerin evrimini modellemede kullanılan metodlara giriş, evrimsel olarak dengeli stratejiler, tek seferlik ve tekrarlanan oyunlar, isbirliğinin evrimi konularında eğitim verecek.

​

Koç Üniversitesi öğretim üyesi Çağlar Akçay; hayvanlarda iletişim ve biyoakustik, vokal sekans analizleri konularında eğitim verecektir.

​

Girit Üniversitesi'ne bağlı Doğa Tarihi Müzesi'nde öğretim üyesi Nikos Psonis, antik DNA analizine genel bir giriş yapıp vaka çalışmalarından dersler verecek.

​

Yunanistan Foundation of Research and Technology - Hellas (ICS) öğretim üyesi Pavlos Pavlidis de eğitim verecek.

​

Sabancı Üniversitesi'nde öğretim üyesi Ogün Adebali iki dizinin birbirleriyle hizalanması, 3 veya daha fazla dizinin hizalanması için algoritmalar, filogenetik ağaç oluşturma yöntemleri konularında eğitim verecek.

​

Hacettepe Üniversitesi öğretim üyesi Gülşah Merve Kılınç, popülasyon genetiğinde benzetim (simülasyon)  analizlerine giriş, SLiM yazılımına giriş, SLiM kullanilarak temel bir benzetim senaryosu kurulmasi konularında eğitim verecektir.

​

ODTÜ öğretim üyesi Mehmet Somel, tranksriptom verisine giriş, nasıl üretilir ve nasıl yorumlanır, tranksriptom verisi analizi - fark gösteren genlerin tespiti, tranksriptom verisi analizi - fark gösteren yolakların tespiti konularında eğitim verecektir.

​

Seminer Programı:

Seminere ilişkin kısa ders programını aşağıda bulunan "Etkinlik Programı" adlı simgeye basarak indirebilirsiniz.

Detaylı program için "Detaylı Program" adlı excel dosyasını indirebilirsiniz.

​

​

​

​

​

​

​Başvuru Kriterleri: 

 

• Ekoloji, evrimsel biyoloji, popülasyon biyolojisi, popülasyon genetiği ve genomiği alanlarında çalışmalar/araştırmalar yapan doktora ve yüksek lisans (master) öğrencisi olmak

  • ​Lisans seviyesinde başvuranlar aşağıdaki kriterleri sağlamak zorundadır: 

    • En az 1 dönem ekoloji, evrim, popülasyon genetiği ve/veya genomiği derslerinden birisini almış olmak

    •  En az 1 dönem istatistik, istatistiksel programlama veya programlama ile genetik/genomik analiz konularında ders tamamlamış olmak

​

• Orta ve iyi derecede ingilizce bilmek (Etkinlik dili ingilizce olacaktır).

• TÜBİTAK ARBİS'e kayıtlı olmak

 

​Değerlendirme Kriterleri: 

 

• Adayların en geç 15 Nisan 2021 gününe kadar başvuru formunu doldurarak iletmesi gerekmektedir. Bu tarihten sonra gönderilen başvurular değerlendirmeye alınmayacaktır.

• Adaylar etkinliğe katılmanın araştırmalarına, eğitimlerine ve kariyerlerine nasıl bir katkı sağlayacağını anlatan bir niyet mektubu ile başvurmalıdır. Niyet mektubunun niteliği ve adayın çalışma alanının, bilimsel hedeflerinin ve geçmiş deneyimlerinin seminerler kapsamında ele alınan konulara olan yakınlığı değerlendirilecektir.

• Programlama ve istatistiksel yazılım dillerine hakimiyet gösteren kanıt (ders, proje, vb.) sunulmalıdır.

• En az orta seviyede İngilizce dil bilgisi seviyesi gösteren belge(ler) sunulmalıdır.

• Başvuran adayların farklı üniversiteler arası denge ve çeşitlilik olmasına dikkat edilecektir. 

• Kadın/erkek sayısı ve çalışma alanı (Ekoloji/Evrim) kapsamında denklik olmasına dikkat edilecektir.

​

Seminerler hakkında detaylı bilgi ve başvuru için lütfen İngilizce web sitesindeki (https://aegeancompecoevo.wixsite.com/home) ilişkili bölümleri kullanınız

​

​