top of page

Etkinliğin Amacı ve Kapsamı

 

Arkaplan:

YaÅŸam bilimlerinde deneysel çalışmalarda üretilen veri miktarı logaritmik olarak artmaktadır. Bu deÄŸiÅŸimin baÅŸlıca sürükleyicilerinden biri genetik alanında paralel DNA dizileme teknolojilerinin ucuzlaması, yaygınlaÅŸması ve çok çeÅŸitli uygulama alanları kazanmasıdır. Öte yandan ekoloji ve iklimbilim gibi alanlarda da iletiÅŸim teknolojilerindeki geliÅŸmeler sayesinde büyük veri kümelerinin hızla biriktiÄŸi görülmektedir. Bu veriler ulusal ve uluslararası veri tabanlarında saklanmakta ve bilimsel araÅŸtırmalar için yeniden kullanılabilecek devasa bir kaynak sunmaktadır. Bir bilimsel hipotezi test etmek için kendiniz deney yapmadan önce baÅŸkalarının ürettikleri verilerin yeniden analizi, basit ve etkili bir önveri üretme yöntemidir. Dahası, özellikle gelir düzeyi kısıtlı ve deneysel veri üretiminde gelir düzeyi yüksek ülkelerle yarışmakta zorlanabilecek ülkelerde bilim insanları için bu tip veri havuzlarının göreli deÄŸeri daha da yüksektir.

​

Ancak bu tip büyük veri kümelerini güvenli biçimde saklamak, ihtiyaca göre biçimlendirmek ve istatistiksel olarak çözümlemek, bir dizi hesaplamalı ve istatistiksel yetenek gerektirmektedir. Ne yazık ki Türkiye dahil birçok ülkede Biyoloji veya Moleküler Biyoloji ve Genetik lisans programlarında hesaplamalı analiz yöntemleri (biyoenformatik yöntemler, programlama ve modelleme) ya hiç öÄŸretilmemekte ya da çok sınırlı öÄŸretilmektedir. 

Bir diÄŸer önemli geliÅŸme de yaÅŸam bilimlerinin farklı alanlarına ait birikmekte olan verilerin, özellikle de çok boyutlu verilerin, disiplinler arası çalışmaları giderek kolaylaÅŸtırmasıdır. ÖrneÄŸin kanser genetiÄŸi üzerine biriken verileri bugün genetikçi, ekolog ve matematikçilerden oluÅŸan interdisipliner ekipler beraber modellemektedir.

 

Bu tip ihtiyaçlara binaen, bu Seminer dizisini planlayan ekip olarak 2016 yılında Hesaplamalı Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Çalıştayı (Åžirince’de) ve 2016, 2017, 2018 yıllarında Evrimsel Genombilim Kışokulu (Hacettepe ve ODTÜ’de) düzenlemiÅŸtik. Söz konusu etkinlikler lisansüstü öÄŸrencilere dönük ve ücretsiz olarak (yani eÄŸitimcilerin öÄŸrencilerden ücret talep etmediÄŸi ÅŸekilde) organize edilmiÅŸti. Beriki etkinliÄŸi 2018’de ve takip eden yıllarda Yunanistan ve DoÄŸu Akdeniz bölgesinden meslektaÅŸlarımızla beraber düzenlemeyi, bu yolla komÅŸu ülkelerdeki öÄŸrencilerin Türkiye’deki bilgi birikiminden yararlanmalarını, aynı ÅŸekilde bizim öÄŸrencilerimizin de komÅŸu ülkelerdeki baÅŸarılı genç araÅŸtırmacılarla tanışarak bu kiÅŸilerden faydalanmalarını hedefledik.

​

Amaç:

Hesaplamalı Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Ege Seminerleri, bu alanlarda çalışan yetkin genç araÅŸtırmacılar ile Türkiye ve Yunanistan'dan yüksek lisans ve doktora öÄŸrencilerini buluÅŸturarak, ekoloji ve evrim alanındaki temel soruları tanıtmayı, ayrıca bu soruları cevaplamak için kullanımı uygun en son modelleme ve hesaplamalı analiz yöntemlerini öÄŸretmeyi amaçlamaktadır.

​

Seminerler aynı zamanda yeni bölgesel iÅŸbirliÄŸi imkanları yaratarak Türkiye ve DoÄŸu Akdeniz bölgesinde yaÅŸam bilimleri alanında bilimsel çalışmalara ivme kazandırmayı da amaçlamaktadır.

​

Seminerler popülasyon genombilimi, karşılaÅŸtırmalı filojeni, mikrobiyal ekoloji, metagenomiks, antik DNA, komünite ekolojisi gibi geniÅŸ bir yelpazede hem teorik dersler hem uygulama dersleri içermektedir. Seminerlerin amacı tek bir alanda aşırı özelleÅŸmiÅŸ bir hesaplamalı araç topluluÄŸunu tanıtmak deÄŸildir. Aksine amaç, ekoloji ve evrimsel biyolojinin bazı kadim araÅŸtırma konularını tanıttıktan sonra, hem bu alanlarda hem de genetik ve iklimbilim gibi akraba alanlarda kullanılan farklı modelleri, istatistiksel araçları ve yaklaşımları öÄŸrenci topluluÄŸuna tanıtmaktır. Seminerler kapsamında ayrıca çokdisiplinli araÅŸtırmayı teÅŸvik edecek ÅŸekilde öÄŸrenciler farklı disiplinlerden yaklaşımların bir arada kullanılacağı projeler kurgulayacaktır.

​

Kapsam:

Seminerlerin en güçlü özelliÄŸi yaÅŸam bilimlerinde büyük veri analizinde çeÅŸitli uygulamaları içermesidir.

​

ODTÜ öÄŸretim üyesi Mustafa Yücel'in sunacağı Biyojeokimya dersleri; gezegende hayatın ve biyojeokimyasal çevrimlerin erken dönem evrimi, Modern Yer Sistemi'nde karbon, nitrojen, sülfür, oksijen ve fosfor döngüleri, deniz tabanı sedimanları, bentik ekosistemler, hidrotermal bacalar, gaz hidratlar ve bunlara baÄŸlı kemosentez tabanlı ekosistemler konularında olacak.

​

ODTÜ öÄŸretim üyesi Arzu Karahan ekolojik olarak önemli olan karakterlerin çalışılması, ekogenomik, QTL Analizi ve ters genetik , genotipi fenotipe baÄŸlama, moleküler evrim ve genom evrim konularında seminer verecektir.

​

Hacettepe öÄŸretim üyesi ÇaÄŸatay TavÅŸanoÄŸlu ekolojide deney tasarımı, ekolojide veri tipleri ve analizleri konularında eÄŸitim verecektir.

​

Yunanistan Girit Üniversitesi öÄŸretim üyesi Manolis Ladoukakis, Evrim teorisini yaÅŸamın her alanına nasıl geniÅŸletilebilir olduÄŸu hakkında seminer verecek.

​

ODTÜ öÄŸretim üyesi Korhan Özkan topluluk ekolojisi, topluluk ekolojisinde istatistiki yöntemler, R kullanarak bir sıfır model (null model) analizi kurmak konusunda sunum yapacak.

​

Kıbrıs Üniversitesi'nde öÄŸretim üyesi olan Anna Papadopoulou, DNA barkodlama kullanılarak yapılan tür tanımlamasının ana konseptleri, problemleri ve uygulamaları, tür konseptleri ve DNA temelli tür delimitasyon metodları hakkında eÄŸitim verecek.

​

Koç Üniversitesi öÄŸretim üyesi Ä°smail Kudret SaÄŸlam DNA dizi verisinin özetlenmesi ve iki gen kopyası ile coalescent, n gen kopyası ile coalescent kuramı, Alel Frekans Spektrumu ile demografi ve seçilimin hesaplanması, SFS ve Popülasyon büyülüÄŸü deÄŸiÅŸimleri konularında eÄŸitim verecek.

​

Ankara Üniversitesi öÄŸretim üyesi Emre Keskin, metabarkodlamada arazi planlama ve örnekleme, laboratuvar çalışmaları ve biyoinformatik konularında eÄŸitim verecek.

​

Pensilvanya Üniversitesi öÄŸretim üyesi Erol Akçay; sosyal etkileÅŸimlerin evrimini modellemede kullanılan metodlara giriÅŸ, evrimsel olarak dengeli stratejiler, tek seferlik ve tekrarlanan oyunlar, isbirliÄŸinin evrimi konularında eÄŸitim verecek.

​

Koç Üniversitesi öÄŸretim üyesi ÇaÄŸlar Akçay; hayvanlarda iletiÅŸim ve biyoakustik, vokal sekans analizleri konularında eÄŸitim verecektir.

​

Girit Üniversitesi'ne baÄŸlı DoÄŸa Tarihi Müzesi'nde öÄŸretim üyesi Nikos Psonis, antik DNA analizine genel bir giriÅŸ yapıp vaka çalışmalarından dersler verecek.

​

Yunanistan Foundation of Research and Technology - Hellas (ICS) öÄŸretim üyesi Pavlos Pavlidis de eÄŸitim verecek.

​

Sabancı Üniversitesi'nde öÄŸretim üyesi Ogün Adebali iki dizinin birbirleriyle hizalanması, 3 veya daha fazla dizinin hizalanması için algoritmalar, filogenetik aÄŸaç oluÅŸturma yöntemleri konularında eÄŸitim verecek.

​

Hacettepe Üniversitesi öÄŸretim üyesi GülÅŸah Merve Kılınç, popülasyon genetiÄŸinde benzetim (simülasyon)  analizlerine giriÅŸ, SLiM yazılımına giriÅŸ, SLiM kullanilarak temel bir benzetim senaryosu kurulmasi konularında eÄŸitim verecektir.

​

ODTÜ öÄŸretim üyesi Mehmet Somel, tranksriptom verisine giriÅŸ, nasıl üretilir ve nasıl yorumlanır, tranksriptom verisi analizi - fark gösteren genlerin tespiti, tranksriptom verisi analizi - fark gösteren yolakların tespiti konularında eÄŸitim verecektir.

​

Seminer Programı:

Seminere ilişkin kısa ders programını aşağıda bulunan "Etkinlik Programı" adlı simgeye basarak indirebilirsiniz.

Detaylı program için "Detaylı Program" adlı excel dosyasını indirebilirsiniz.

​

​

​

​

​

​

​BaÅŸvuru Kriterleri: 

 

  • Ekoloji, evrimsel biyoloji, popülasyon biyolojisi, popülasyon genetiÄŸi ve genomiÄŸi alanlarında çalışmalar/araÅŸtırmalar yapan doktora ve yüksek lisans (master) öÄŸrencisi olmak

    • ​Lisans seviyesinde baÅŸvuranlar aÅŸağıdaki kriterleri saÄŸlamak zorundadır: 

      • En az 1 dönem ekoloji, evrim, popülasyon genetiÄŸi ve/veya genomiÄŸi derslerinden birisini almış olmak

      •  En az 1 dönem istatistik, istatistiksel programlama veya programlama ile genetik/genomik analiz konularında ders tamamlamış olmak

​

  • Orta ve iyi derecede ingilizce bilmek (Etkinlik dili ingilizce olacaktır).

  • TÜBÄ°TAK ARBÄ°S'e kayıtlı olmak


 

​DeÄŸerlendirme Kriterleri: 

 

  • Adayların en geç 15 Nisan 2021 gününe kadar baÅŸvuru formunu doldurarak iletmesi gerekmektedir. Bu tarihten sonra gönderilen baÅŸvurular deÄŸerlendirmeye alınmayacaktır.

  • Adaylar etkinliÄŸe katılmanın araÅŸtırmalarına, eÄŸitimlerine ve kariyerlerine nasıl bir katkı saÄŸlayacağını anlatan bir niyet mektubu ile baÅŸvurmalıdır. Niyet mektubunun niteliÄŸi ve adayın çalışma alanının, bilimsel hedeflerinin ve geçmiÅŸ deneyimlerinin seminerler kapsamında ele alınan konulara olan yakınlığı deÄŸerlendirilecektir.

  • Programlama ve istatistiksel yazılım dillerine hakimiyet gösteren kanıt (ders, proje, vb.) sunulmalıdır.

  • En az orta seviyede Ä°ngilizce dil bilgisi seviyesi gösteren belge(ler) sunulmalıdır.

  • BaÅŸvuran adayların farklı üniversiteler arası denge ve çeÅŸitlilik olmasına dikkat edilecektir. 

  • Kadın/erkek sayısı ve çalışma alanı (Ekoloji/Evrim) kapsamında denklik olmasına dikkat edilecektir.

​

Seminerler hakkında detaylı bilgi ve baÅŸvuru için lütfen Ä°ngilizce web sitesindeki (https://aegeancompecoevo.wixsite.com/home) iliÅŸkili bölümleri kullanınız

​

​

bottom of page